En fem år gammel gutt blir venn med Ponyo, en gullfiskprinsesse med et desperat ønske om å bli menneskelig. Løst basert på H.C. Andersens eventyr om Den lille havfruen.

10 år gamle Chihiro skal flytte til en ny by sammen med foreldrene sine. På veien til det nye huset tar faren en snarvei – noe som får dramatiske konsekvenser. De kommer fram...